Riesumazione
Il 6 gennaio 2008 il vescovo Domenico D'Ambrosio annunciò durante la messa nel santuario di Santa Maria delle Grazie che nel mese di aprile 2008 il corpo di Padre Pio sarebbe stato riesumato per una ricognizione canonica con l'esposizione alla pubblica venerazione sino al mese di settembre 2009 in vista del quarantesimo anniversario della sua morte. Nella notte tra il 2 e il 3 marzo 2008 è stata riaperta la bara che contiene il cadavere di san Pio. Secondo le dichiarazioni del locale arcivescovo le unghie e il mento erano ben conservati pur essendo trascorsi quarant'anni dalla sua morte, mentre altre parti del corpo erano visibilmente decomposte. Non sono però state rese pubbliche fotografie.

Esposizione della salma
Dal 24 aprile 2008 al 23 settembre 2009 a San Giovanni Rotondo è stata esposta la salma di Padre Pio, all'interno di una teca di cristallo costruita appositamente. Essa in realtà è stata poco visibile: il volto, ben conservato solo nella parte inferiore, è stato ricoperto da una maschera di silicone che ne riproduce le sembianze. La salma poggia su un piano di plexiglas forato e rivestito di tessuto. Al di sotto ci sono due contenitori in pvc pieni di gel di silice per la regolazione dell'umidità. Nella teca è stato immesso azoto per evitare ulteriori decomposizioni. Il 23 settembre 2009, nell'anniversario della morte, si è conclusa l'esposizione della salma con una solenne cerimonia.

Traslazione della salma e ostensione permanente
Il 19 aprile 2010 la salma del santo è stata traslata nella cripta della nuova Chiesa di Padre Pio, decorata con i mosaici del sacerdote gesuita sloveno Marko Ivan Rupnik e con il soffitto ricoperto di foglia oro, ricavato dalla fusione degli ex voto che i fedeli negli anni hanno donato a san Pio. Tuttavia, l'inaugurazione di una siffatta cripta è stata contrassegnata da forti polemiche, sia da parte del mondo laico che da parte degli stessi cattolici, in quanto un tale sfarzo è decisamente contrario agli ideali dell'Ordine Francescano (al quale Padre Pio apparteneva) improntati all'umiltà e alla povertà. Dal 1º giugno 2013 la salma è permanentemente esposta alla pubblica venerazione.