Caratteristico questo tempio, citato in un antico manoscritto del 1248 (o 1249), quale è appunto lo "Scadenzario di Federico II", col titolo di "Ecclesia S. Mariae de Siponto". Non se n'ebbe tutta la costruzione in una sola volta, poiché la Chiesa superiore differisce molto dalla inferiore, non solo, ma ci furono anche delle ricostruzioni, dopo che nel 1527 venne rovinata dalla caduta di una torre, che v'era dal lato dell'attuale sagrestia.
Osservato da vicino questo Tempio, ricordato da Leandro Alberti nella "Descrizione d'Italia", e da lui visitato nel 1525, risponde alla segnalazione che ne fa la espressione di "sontuosa cappella di pietre quadrate, che poi rimase cosi", cioè incompleta, accanto all'antica Cattedrale.
La campanella, che si scorgeva in alto, fu collocata nel settecento: più su si vedeva la testa di un'aquila (quella forse dell'ambone dell'antica cattedrale), e sul frontone, nel centro, lo stemma dell'arcivescovo Ginnasio (1586-1607), il restauratore di questa e di un'altra Chiesa di Monte S. Angelo. Per tutto il resto può dirsi un piccolo "gioiello" d'arte romanico-pugliese. L'influsso moresco si nota, oltreché negli archi lunati, nei motivi ornamentali geometrici. Tipiche di questa chiesa: la sobrietà e signorilità degli elementi architettonici, e la originale concezione che la differenzia notevolmente dalle altre chiese coeve di Puglia.
Spicca solenne all'ingresso il portale, che si apre fra due leoni accovacciati, dal cui dorso sorgono le due colonne, che reggono le mensolette per l'archivolto accennato nel centro. Ai lati di esso si sviluppa una serie di archi ciechi, che un tempo giravano intorno all'intero tempio con effetto grandioso. Si notino al centro di essi i rombi ornamentali che ricordano la stretta parentela tra il romanico pugliese e quello pisano.
L'interno, in cui la luce viene quasi tutta dalla lanterna della cupoletta, è un quadrato con quattro piloni nel centro. Per tre lati gli archi parietali rispondono sulle arcate esteriori: solo dal lato orientale la parete, perfettamente liscia, fa pensare alle riparazioni, compiute prima della consacrazione della Chiesa, che fece il Cardinale Arcivescovo Orsini nel 1675, di cui risultano le croci nei lati e la lapide con l'epigrafe a destra dell'ingresso. Una tela istoriata del napoletano Giuseppe Castellano del 1719 ricorda i quattro Santi Sipontini: Giustino vescovo, Felice, Florenzio e Giusto, detti i Martiti di Furconio, in Abruzzo.

Mastrobuoni-De Feudis, "Manfredonia (Siponto-S. Leonardo)".
Quaderni Turistici a cura dell'E.P.T. di Foggia, 1964